ไลโอเนล ลูเธอร์ เป็นคนที่สร้างหลักฐานให้โจนาธาน เค้นท์ และมาร์ธ่า เค้นท์สามารถที่จะรับเลี้ยงคลาร์กได้ และก็สงสัยถึงที่มาของคลาร์ก เค้นท์ตั้งแต่วันนั้นเป็นต้นมา

เมื่อคลาร์ก เค้นท์และไคล่า วิลโล่ว์บรุค ได้ค้นพบถ้ำคาวัชชี่ ในสมอลวิลล์ภาคที่ 2 ตอนที่ 10 Skinwalker เล็กซ์สนใจในถ้ำนี้มากและสั่งให้ยกเลิกการสร้างห้างสรรพสินค้าทับถ้ำทันที รวมทั้งส่งคนมาวิจัย และไลโอเนลได้จัดการโอนกรรมสิทธิ์ถ้ำไปให้กับลูเธอร์คอร์ป ทำให้เขามีสิทธิ์ที่จะวิจัยถ้ำได้

ไลโอเนลสงสัยในตัวคลาร์ก เค้นท์ จึงให้โคลอี้ ซัลลิแวน ซึ่งเป็นเพื่อนสนิทของคลาร์ก เค้นท์สืบความลับของคลาร์ก โดยแลกกับตำแหน่งนักหนังสือพิมพ์ที่เด็กที่สุดในประวัติศาสตร์ของการก่อตั้งเดลี่แพลเน็ตมาในรอบ 200 ปี แต่เมื่อโคลอี้แตกหักกับไลโอเนล ไลโอเนลจึงจัดการปลดโคลอี้ รวมทั้งปลดพ่อของโคลอี้ออกจากตำแหน่งผู้ควบคุมโรงงานปุ๋ยลูเธอร์คอร์ป ซึ่งนั่นเป็นแรงผลักดันที่ทำให้โคลอี้กล้าลุกขึ้นมาสู้กับไลโอเนล ซึ่งไม่เคยมีใครนอกครอบครัวลูเธอร์ที่กล้าทำมาก่อน โคลอี้ได้ร่วมมือและส่งหลักฐานการเอาผิดไลโอเนล ลูเธอร์ให้กับเล็กซ์ และทำให้ไลโอเนลต้องติดคุกในที่สุด

เมื่อไลโอเนลพบตัวคลาร์ก เค้นท์ในถ้ำคาวัชชี่ เขาจึงจัดการวิจัยถ้ำอีกครั้ง โดยพยายามโน้มน้าวกับดอกเตอร์เวอร์จิ้น สวอนน์ซึ่งสัญญากับคลาร์กที่จะปกปิดความลับของเขาให้มาเป็นพวก แต่ก็ไม่สำเร็จ

ในภาคที่ 4 ตอนที่ 6 Transference คลาร์กและไลโอเนลสลับร่างกัน ไลโอเนลได้รู้ความลับและความสามารถของคลาร์กทั้งหมด แต่เมื่อคืนร่างกันเหมือนเดิม ไลโอเนลก็ลืมทุกสิ่งทุกอย่างไปหมดสิ้น สิ่งที่เขาสงสัยอย่างเดียวคือทำไมโรคตับอักเสบระยะสุดท้ายของเขาถึงหายไปอย่างฉับพลัน ซึ่งนั่นเป็นผลกระทบจากวิญญาณคลาร์กที่สลับเข้ามาอยู่ร่างไลโอเนลชั่วคราว และวิญญาณของคลาร์กก็คงจะช่วยชำระล้างมลทินในจิตใจและร่างกายของไลโอเนลไปเสีย

ในภาคที่ 4 ตอนที่ 22 Commencent ไลโอเนลได้รับพลังจากจอร์เอลในการติดต่อสื่อสารกับคลาร์ก ซึ่งจอร์เอลจะใช้ร่างกายของไลโอเนลในการติดต่อ ทำให้ไลโอเนลได้ทราบถึงต้นกำเนิดที่แท้จริงและพลังของคลาร์ก เค้นท์ที่เขาใฝ่ฝันถึงมายาวนานหลากหลายปี เขายังเป็นผู้ที่ส่งข้อความจากจอร์เอลที่เขาเก็บไว้ในตู้เซฟของเขาเป็นปึก ๆ ให้กับโคลอี้และคลาร์กใช้ไขปริศนา รวมทั้งเขากับโคลอี้ยังพยายามหาวิธีที่จะสกัดเล็กซ์ ลูเธอร์ซึ่งอยู่ในร่างปีศาจซอดด้วย

ในภาคที่ 5 และ 6 ไลโอเนลได้รู้ความจริงคลาร์ก พยายามช่วยเขาร่วมกับโคลอี้ ในการไขปริศนาภาษาลึกลับที่จอร์เอลส่งผ่านมายังร่างของไลโอเนลซึ่งตอนหลังเรารู้กันว่าแปลได้ว่า "Zod is coming" รวมทั้งการที่ไลโอเนลกลายเป็นจอร์เอลเพื่อมาคืนชีพคลาร์กในป้อมสันโดษ ล้วนแสดงว่าไลโอเนลได้รู้ความลับของคลาร์กแล้วทั้งสิ้น